Jabatan Farmasi merupakan jabatan yang memberi perkhidmatan sokongan klinikal merangkumi penjagaan farmaseutikal secara individu kepada pesakit di hospital dengan memfokuskan kepada praktis farmasi klinikal. Jabatan ini juga mengawal penggunaan ubat secara rasional di dalam hospital dan membantu dalam proses perolehan , penyimpanan dan pembekalan ubat-ubatan, peralatan pakai buang, reagen dan gas perubatan kepada wad-wad dan unit-unit di hospital.
Jabatan Farmasi mempunyai 150 staf pelbagai jawatan yang bertugas dalam 6 unit yang berlainan diketuai oleh 6 ketua unit dibawah pimpinan Puan Syahida Che Embi selaku Ketua Jabatan yang bertanggungjawab menguruskan Jabatan Farmasi.